Б.Батбаяр нь 1972 онд Улаанбаатар хотод дунд сургуулиа төгсөж, 1972-1973 онд Монгол Улсын Их Сургуульд суралцжээ. 1973-1980 онд Польш улсын Краков хотын Ягеллоны Их Сургуульд суралцаж байгаад, 1981 онд МУИС-д шилжин ирж биохимич мэргэжлээр төгссөн байна. Үүний дараа 1987-1989 онд ЗХУ-ын Москвагийн Улсын Их Сургууль, 1990 онд Лондон дахь Эзэн хааны коллежид тус тус мэдлэг боловсролоо дээшлүүлсэн бөгөөд англи, польш, орос хэлтэй. 1981-1991 онд ажлын гараагаа Микробиологийн шинжлэх ухаан, үйлдвэрлэлийн төвөөс эхэлж, эрдэм шинжилгээний ажилтнаар ажиллав. 1991-1994 онд Монголын Социал-Демократ Намын даргаар сонгогдон ажилласан. 1994-1996 онд Чөлөөт нийтлэлч. 1996-2000 онд Монгол Улсын Их Хурлын (УИХ) гишүүн. 1998-1999 онд Монгол Улсын Сангийн сайд. 2004-2005 онд Монгол Улсын Ерөнхий сайдын зөвлөх. 2006 оноос хойш Нэпко хэвлэлийн газрын зохиолч, нийтлэлчээр ажиллаж байна.
Тэр бээр 1980-аад оны үеэс Монгол орны түүх, нийгэм, улс төрийн байдлын талаар эргэцүүлэл бичиж, ном орчуулан өөрийн нууц нэрээр гаргаж эхэлсэн. Түүний бүтээлүүд тухайн үеийн залуучуудын дунд гар бичмэлээр, нууцаар тархаж байв. Эдгээрээс хамгийн алдартай нь Монгол-Орос-Хятадын харилцаа болон коммунист дэглэмийг хурцаар шүүмжилсэн "Бүү март. Мартвал сөнөнө" нийтлэл юм.
Тэрээр 1989 онд Ардчилсан Социалист Хөдөлгөөнийг байгуулалцсан анхдагчдын нэг бөгөөд 1990 оны 2 дугаар сард болсон Монголын Ардчилсан Холбооны Анхдугаар Их хуралд тус хөдөлгөөнийг төлөөлөн оролцохдоо "Хаан нүцгэн байна" хэмээх алдартай илтгэлээ тавьж, коммунист засаглалыг ил тод шүүмжилжээ.
1990-ээд оноос эхлэн нийтлэлчээрээ олон нийтэд танигдаж, хүлээн зөвшөөрөгдсөн. Түүний томоохон бүтээлүүдийн нэг нь 1996-2004 онд туурвисан "ХХ зууны Монгол: Нүүдэл, суудал" ном бөгөөд уг бүтээл нь англи, польш, орос хэлнээ орчуулагдан хэвлэгдсэн байна.